Программа CCleaner обычно хранит настройки в системном реестре Windows. Но пользователь имеет возможность управлять начальными параметрами, используя сценарии. В этом случае настройки сохраняются в файле ccleaner.ini, размещенном в каталоге CCleaner.
Программа использует файлы с расширением INI для запоминания параметров Windows и установленных приложений, требующих сканирования и очищения. Указанные параметры можно очень просто изменять, так как они записываются в формате простого текстового файла и находятся в каталоге запуска программы. Их легко редактировать обычным текстовым редактором или обрабатывать сценариями CCleaner. Использование файлов инициализации может оказаться очень эффективным в случае работы пользователя с портативной версией утилиты для установки программы на другую машину, так как начальные настройки сохраняются в этих файлах.
В процессе очистки есть возможность запускать короткие программки Visual Basic. Для этого необходимо записать файлы скриптов в каталог утилиты. Для их запуска в файл начальных настроек CCleaner.ini добавляется строка «ScriptKey1=имя файла.vbs». В случае нахождения скрипта в другом каталоге, в качестве имени файла прописывается полный путь с указанием входящих папок.
В случае создания файла инициализации с именем Winapp2.ini, появляется возможность добавления в него записей, содержащих информацию о новом программном обеспечении. Кроме того, можно создать файл с именем Winapp1.ini, записи которого содержат информацию о программах, заменяющих стандартные приложения, включенные в дистрибутив утилиты.
Для указания областей реестра Windows, подлежащих очистке создайте файлы Winsys1.ini, Winsys2.ini. В первом указываются стандартные области, требующие очистки, а во втором описываются новые ветки реестра ОС для этой цели.